默多克警探发现，在多伦多坠毁的飞行器的幕后黑手正是他的宿敌詹姆斯·彭德里克。他得知彭德里克希望通过首次受控飞行赢得 100 万美元的奖金。在坠机事故的废墟中发现了一具尸体，但显然有人想窃取他的发明。默多克还必须与渥太华的间谍头目特伦斯·迈耶斯打交道，后者表示这完全是国家安全问题。与此同时，朱莉娅从维也纳回来，一心想从事精神病学工作。她还希望与达西的婚姻无效。2011年11月15日，CBC宣布将播出《默多克之谜》第六季。《女王公园幽灵》的场景于2012年7月13日在外景拍摄。[20] 现任安大略省副州长戴维·昂利 (David Onley ) 在第六季中客串，饰演第八任安大略省副州长奥利弗 ( Oliver)莫瓦特。[21]托马斯·豪斯客串饰演温斯顿·丘吉尔，他在被指控谋杀时向默多克寻求帮助。[22]乔治娜·赖利（艾米丽·格雷斯博士饰）晋升为第六季常规演员。默多克在调查原型机坠毁事件时卷入了加拿大和美国政府之间的军备竞赛。 喝了几个小时的酒后，温斯顿·丘吉尔在谋杀现场醒来，对前一天晚上的事失去了记忆。默多克必须拼凑出所发生的事情来证明他的清白。 当一连串看似随机的人在自己家中被谋杀时，默多克怀疑有连环杀手在作案。受害者之间唯一明显的联系是他们在死前不久都去过的一个街角。 一名武装劫匪在一次抢劫中被他的同伙谋杀后，默多克的主要嫌疑人是一个自称是夏洛克·福尔摩斯的、洞察力极强的人。杰兰特·温·戴维斯（Geraint Wyn Davies）短暂回归，饰演阿瑟·柯南·道尔（Arthur Conan Doyle）。 默多克调查发生在裸体主义者社区的 谋杀案。 当一名匿名疯子用致命的有毒气体威胁多伦多市民时，默多克必须争分夺秒地阻止他。 克拉布特里在调查一名似乎被复仇鬼魂杀害的政客之死时，他的超自然理论与默多克的科学信仰发生了冲突。 默多克调查一名伊顿百货公司经理被谋杀的事件，这名经理不受店员们的喜欢。 一名不合作的证人阻碍了默多克对当铺谋杀案的调查，而布雷肯里德在调查一位老军友的死亡事件时遇到了阻力。 一系列受过大学教育的未婚职业女性被暴力淹死的事件让默多克怀疑其动机是性别歧视和种族主义。 当一名有妄想症的女人（希拉·麦卡锡饰）成为暴力刺伤她赌博未婚夫的主要嫌疑人 时，默多克侦探和奥格登博士发现彼此之间存在矛盾。 当奥格登博士涉嫌谋杀她分居的丈夫的可疑谋杀案时，默多克侦探和他的方法受到了损害。 奥格登博士因谋杀罪被判处绞刑，默多克警探急忙为她开脱罪责，但却陷入了真正凶手设下的陷阱。
